Een COVID-19-infectie kan worden gediagnosticeerd uit monsters van de bovenste luchtwegen door de orofarynx en de nasopharynx. Via de onderste luchtwegen door monsters uit sputum en bronchiaal vocht. Een monsters van de bovenste luchtwegen; de oropharynx (keel) en nasopharynx (diepe neus) swab, is eenvoudig te verzamelen. Het monster moet binnen de eerste paar dagen na het begin van de symptomen worden afgenomen, omdat de RNA-positieve rate een piek bereikt 7 tot 10 dagen na het begin van de symptomen en daarna gestaag afneemt. Het is belangrijk om de uitstrijkjes goed af te nemen, door bemonstering vanuit het achterste rhinopharyngeale amandelgebied.